Ana pirang-pirang noda sing bisa digunakake kanggo nggambarake lan motret DNA sawise materi kasebut dipisahake dening elektroforesis gel. Antarane akeh pilihan, limang galur iki minangka sing paling umum wiwit kanthi Ethidium bromide, sing paling akeh digunakake. Nalika nggarap proses iki, penting ora mung kanggo mangerteni beda antarane galur nanging risiko kesehatan.
01 Ethidium Bromide
Etidium bromida arupa pewarna paling kondhang sing dipigunakaké kanggo nggambaraké DNA. Pewarna iki bisa digunakake ing campuran gel, ing buffer electrophoresis utawa kanggo noda gel sawise mbukak. Molekul-molekul saka pewarna adhedhasar lembaran lan fluoresce DNA ing sangisore cahya UV, nuduhake sampeyan ing ngendi papan ana ing gel. Senadyan kauntungan, kelemahane yaiku yen ethidium bromide minangka karsinogen potensial, mula kudu ditangani kanthi becik. Amarga risiko kesehatan sing potensial digunakake kanggo gel iki, alternatif wis ditemokake. 02 SYBR Gold
SYBR Dye emas bisa digunakake kanggo noda DNA ganda utawa siji-terdeteksi, utawa kanggo noda RNA. SYBR Gold minangka salah sawijining alternatif alternatif kanggo etidium bromida kanggo nyekel pasar lan dianggep luwih sensitif tinimbang ethidium bromide. Pewarna nampilake 1000-fold fluorescence UV sing luwih gedhé sawisé diikat dadi asam nukleat. Iku banjur nyetlikake gusi agarose sing akurat lan dhuwur lan bisa digunakake ing gel formaldehida. Amarga fluoresensi molekul sing ora diubengi dadi kurang, ora mesthi dibutuhake. Probes Molecular holder uga nduweni (wiwit peluncuran SYBR Gold) dikembangake lan dipasarke SYBR Safe lan SYBR Green sing luwih aman kanggo ethidium bromide.
03 SYBR Green
Noda SYBR Green I dan II (maneh, dipasarake dening Probes Molekul) dioptimalkan kanggo tujuan sing beda-beda. Amarga padha gawé ikatan karo DNA, wong-wong mau isih dianggep minangka potènsial mutagèn lan amarga kuwi, kudu ditangani kanthi ati-ati. SYBR Green I luwih sensitif kanggo nggunakake DNA pindho dhobel, nanging SYBR Green II, ing tangan liyane, paling apik kanggo nggunakake DNA tunggal utawa RNA. Kaya noda Etidium Bromide sing populer, fluoresce noda sing sensitif banget ing cahya UV. 04 SYBR Aman
SYBR Safe dirancang kanggo dadi alternatif sing luwih aman kanggo Ethidium Bromide lan stan SYBR liyane. Iki ora dianggep sampah sing mbebayani lan bisa dibuwang sacara umum liwat sistem saluran pembuangan (kayata mudhun saluran), amarga tes toksikitas nuduhake yen ora ana racun akut. Testing uga nuduhake yen genotoksisitas cilik utawa ora ana ing sel embrio Hamster Embryo (SHE), limfosit manungsa, sel limfoma tikus, lan test AMES. Noda bisa digunakake kanthi transilluminator biru-cahya sing nyebabake kerusakan kurang DNA sing visualisasi lan menehi efisiensi sing luwih apik kanggo kloning sasuwene. 05 Eva Green
Eva Green minangka pewarna fluorescent sing wis ditemokake kanggo nyegah PCR dadi luwih dawa tinimbang pewarna liyane. Iki nggawe banget migunani kanggo aplikasi kaya PCR nyata-wektu kuantitatif. Iku uga pilihan sing apik yen sampeyan nggunakake gel titik leleh titik kanggo pemulihan DNA. Dhuwuré stabil ing temperatur dhuwur lan nduwe fluoresensi banget ing dhasaré, nanging ndadèkaké owah-owahan ing DNA. Eva Green uga wis dituduhake duwe sitotoksisitas utawa mutagenikitas banget utawa ora.